Отвечаем на ваш вопрос:
Статья 217 Налогового кодекса Российской Федерации определяет, что продажа квартиры может быть освобождена от налогов, если одним из продавцов является супруга или супруг данного продавца и проживание в квартире до продажи продолжалось более трех лет со дня регистрации брака.
Согласно Вашему сообщению, Ваш отец и его супруга приобрели квартиру в законном браке более 5 лет назад. Так как они приобрели эту квартиру в браке и она была передана по брачному договору, налог при продаже этой квартиры не должен применяться, согласно вышеупомянутому законодательству.