Отвечаем на ваш вопрос:
Нет, ваша временная регистрация не будет аннулирована после получения постоянной прописки в другом городе, если вы проживаете временно в другом городе по тому же адресу. При получении постоянной прописки в другом городе, вы просто меняете свое место постоянной регистрации, сохраняя адрес временной регистрации в другом городе.