Отвечаем на ваш вопрос:
В соответствии с Федеральным законом от 12 января 1996 года № 7-ФЗ О некоммерческих организациях (далее — Закон о НКО) и Федеральным законом от 11 июля 2012 года № 129-ФЗ О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей (далее — Закон об госрегистрации) НКО, в том числе НКО-благотворительный фонд, регистрируются в территориальных органах Федеральной налоговой службы.
По Закону о госрегистрации, некоммерческая организация (в том числе НКО-благотворительный фонд) может иметь юридический адрес в месте нахождения (регистрации) организации, а также фактический адрес в другом месте (не обязательно совпадающий с юридическим адресом).
В соответствии со статьей 7 Закона о НКО, НКО регистрируется в федеральном органе исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере регистрации НКО. Таким органом вида Вашей НКО-благотворительного фонда является Федеральная налоговая служба.
Поэтому, если юридический адрес вашего НКО-фонда будет находиться в другом регионе, это не является препятствием для его государственной регистрации в Москве или Санкт-Петербурге. Вам необходимо обратиться в соответствующий территориальный орган Федеральной налоговой службы, который будет отвечать за проведение процедуры государственной регистрации вашей НКО-благотворительного фонда.